Святитель Маркелл был один из авторитетнейших архипастырей своего времени. Достаточно сказать, что он был одним из кандидатов на патриарший престол на соборе, избравшем патриарха Никона. Двенадцать мужей были первоначально избраны в кандидаты на патриаршество: 2 митрополита, 3 архиепископа, 6 архимандритов, 1 игумен. В их числе был и свт. Маркелл Вологодский. Высокопреосвященный Маркелл известен с 1636 года как игумен Соловецкого монастыря. В житии преподобного Иринарха Соловецкого сказано о видении, в котором Святой Иринарх предрек его соловецкое начальствование: "В 1636 году, в игуменство Варфоломея, Маркелл, впоследствии Соловецкий игумен и архиепископ Вологодский, находясь вне монастыря на послушании, увидел во сне, будто стоит в Преображенском соборе обители, у западной стены, а пред Царскими вратами лестница, достигающая большой главы. Игумен Иринарх, сойдя по той лестнице, направился к игумену Варфоломею, взял посох из рук его и сказал: "Довольно, брат, не твое это дело", потом, взглянув на Маркелла, произнес: "Подойди и возьми этот посох". Маркелл приблизился, взял посох и видение окончилось". В августе 1641 года царем Михаилом Феодоровичем повелено игумену Маркеллу ежедневно служить Божественную Литургию в церкви преподобных Зосимы и Савватия. В 1643 году, по жалобе Маркелла на то, что новгородский владыка Аффоний вызывает в архиерейский дом на разные должности монастырских старцев, грамотою царя воспрещено на будущее время требовать соловецкую братию в Новгород без особого царского соизволения по причине недостаточности числа братии и издержек, соединенных с такими путешествиями. 16 января 1645 года хиротонисан во епископа Вологодского и Великопермского с возведением в сан архиепископа. На Вологодской кафедре оставался до 1663 года, но именовался архиепископом Вологодским и Белозерским — в конце 1657 года Пермь отписана к новообразованной Вятской епархии, а Белоозеро — к Вологодской. С этого времени епархия стала именоваться Вологодской и Белозерской. В 1649 году свидетельствовал мощи прп. Кирилла Новоезерского. В 1650 году, после пожара в Спасо-Каменном монастыре, переложил в новую раку мощи благоверного князя Иоасафа Каменского. В 1652 году пo случаю чуда прп. Галактиона о бездождье установил Крестных ход в Вологде. Кроме того, при архиепископе Маркелле построен был соборный храм во имя Святого Духа, по имени храма и монастырь, основанный повелением архиепископа Вологодского Варлаама на месте кельи замученного поляками Святого Галактиона, стал называться Свято-Духовым. В 1654 году в связи с прекращением эпидемии чумы после постройки обыденной Спасо-Всеградской церкви установил второй Крестных ход в Вологде. Один из наиболее авторитетных архипастырей, Архиепископ Маркелл назван в числе кандидатов на патриарший престол на Соборе, избравшем патриарха Никона. Два митрополита, 3 архиепископа, 6 архимандритов и один игумен были названы в качестве претендентов на патриаршество. В их числе был и свт. Маркелл Вологодский. Граф М.В. Толстой в пятой книге "Рассказов из истории русской церкви" в числе наиболее влиятельных и почитаемых иерархов причисляет и Маркелла, игумена Соловецкого: "На соборе были: Макарий, митрополит Новгородский, Корнилий, митрополит Казанский, Иона, митрополит Ростовский, Сильвестр, митрополит Крутицкий, Михаил, митрополит Сербский, Маркелл, архиепископ Вологодский, Софроний, архиепископ Суздальский, Михаил, архиепископ Рязанский, Макарий, архиепископ Псковский, Павел, епископ Коломенский, 11 архимандритов и игуменов и 13 протопопов." В 1654 - 1655 годах участвовал в соборе по исправлению богослужебных книг. На Соборе в 1660 году свт. Маркеллу пришлось уже решать вопросы, связанные с отшествием патриарха Никона, который тоже был соловецким постриженником. Открыто против Никона выступил только епископ Павел Коломенский, за что был мученически казнён. Русская старообрядческая православная церковь упоминает только трёх архиереев, не согласных с никоновскими нововведениями и служивших по старым книгам — Макарий, митрополит Новгородский, святой Маркелл, архиепископ Вологодский, игумен Соловецкий и Александр, епископ Вятский и Великопермский. Скончался 22 марта 1663 года. Согласно завещанию, был привезён для погребения в Соловецкий монастырь. О его преставлении архимандрит Варфоломей доносил 9 июля царю Алексею Михайловичу в таких словах: "В нынешнем году июня в 5-й день в Соловецкий монастырь привезли тело твоего государева богомольца, бывшего преосвещенного Маркелла, архиепископа Вологодского и Белозерского, и я… со священницы и диаконы и с братиею со кресты вышел встретити на морской пристани, и принесли в соборную церковь, и надгробная над ним совершили, и погребли в часовне, где опочивает чудотворец Герман. А от преставления его до того времени, как ныне привезен к нам в монастырь, (прошло) одиннадцать недель, и тело его ничем же рушимо, и лицо светло, дух же исходит от тела добровонен". В путеводителе "Православные русские обители", изданном в 1910 году, говорится, что в соловецком храме во имя преподобного Германа Соловецкого "на левой стороне от входа почивают под спудом мощи Маркелла, архиепископа Вологодского, бывшего игуменом в Соловецком монастыре".
Opmerkingen